El complejo escolar nace del afecto de los Salesianos por la obra, con el objetivo de ofrecer una educación sólida a los jóvenes y evitar que deban desplazarse a escuelas de la ciudad donde podrían estar expuestos a riesgos morales. Tras varias conversaciones con el P. Ignacio Velasco, él apoya la idea del colegio, pero considera necesario que sea dirigido por un Salesiano y que cuente con profesores, cooperadores y Hermanas religiosas, asegurando que sea siempre un colegio parroquial y que cumpla con las directrices de los Superiores de Roma. El proyecto debía estar finalizado para el 10 de noviembre y se esperaba que fuera bendecido con la presencia de autoridades importantes.

"En septiembre y octubre de 1988, se inauguró la nueva escuela, Santo Domingo Savio. El P. Luis Chamizo, quien estuvo a punto de ser destinado al Colegio D. Bosco, asumió la dirección del centro educativo. Se comenzó en el salón de teatro, dividiéndolo en cuatro aulas. Cada aula albergaba 36 alumnos. La Hna. Teresa, de las Hijas de Jesús, fue una de las primeras profesoras. Optamos por trabajar con chicos humildes y sencillos, quienes en su mayoría acudían a las escuelas de la ciudad. En noviembre de 1988 se colocó la primera piedra del Complejo Escolar Santo Domingo Savio."

De esta manera, la institución concretó la planificación, organización y ejecución del Proyecto de Expansión y Mejoramiento de la Educación, dentro del Sistema Preventivo. En noviembre de 1999, mediante la firma de convenios, se formalizó el funcionamiento del Sistema de Educación Privada en el turno de la mañana, abriendo matrículas para los ciclos primario y secundario.